Почистил новый хард командой dd с размером блока 1M. И на нём по-прежнему видны разделы. Догадался, что последний блок не записался, а в самом конце диска резервная GPT. Дописал несколько секторов.
Только на днях перешёл на UEFI. Не переходил бы, но скоро только он и останется.